世界自然基金會香港分會（WWF）認為立法會財委會通過「明日大嶼」前期研究撥款是一個錯誤的決定，該項目將進行1000公頃填海以在中部水域建造人工島，對生態環境造成不可逆轉的破壞，WWF促請政府認清事實，重新審視「明日大嶼」計劃。
世界自然基金會香港分會保育總監David Olson博士表示：「我們重申，『明日大嶼』填海計劃將大規模改造陸地和海洋，對環境造成極嚴重的破壞，這是任何支持『明日大嶼』的言論都無法包裝的事實。我們有理由懷疑，任何完善的環境影響評估（EIA）研究，都無法對這個巨大的基建工程所造成的環境破壞作出有效評估並給予「可接受程度」（Acceptable Level）的評價。人類絕不應以填海對待我們珍貴的海洋和地球。」
根據WWF在2019年發表的海底聲音研究報告顯示，在擬定的填海區域範圍有江豚出沒的紀錄；其他生態調查亦顯示，該處還有罕見物種包括海龍、海馬及僅於香港發現的蜥蜴等。
世界自然基金會香港分會海洋保育經理林言霞指出：「填充如此大範圍水域將會對附近島嶼的水流造成劇變，進而影響海水中的養份循環及魚苗供應，進一步破壞本地已逐漸枯竭的漁業資源。此類填海造地的模式會改變水流，連帶產生大量泥沙懸浮物，為海岸、航海業、漁業，帶來不可逆轉和估計的影響，都是難以承擔的代價。」
WWF 重申，政府應積極尋求代替方案，包括加快棕地修復及發展棕地，以解決當前急切的房屋供應的問題。發展棕地與「明日大嶼」填海均可以帶來經濟好處，但發展棕地的經濟及自然資源成本卻遠低於填海。