本文由聯盟成員聯合撰寫
有關運輸署公開信內容，詳見以下文章。
運輸署助理署長（巴士及鐵路）關翠蘭女士在2016年11月21日去信香港獨立媒體網編輯，批評本聯盟成員的評論文章所引述的資料「不正確」，並就其所指的「不正確」之處作出澄清及回應。南港島綫關注聯盟（下稱「聯盟」）重申，有關五篇文章的論點皆有文件依據或是合理推斷，並非「憑空猜測」。聯盟認為有需要為多個指控做出回應。
署方非以一貫做法處理重組計劃
運輸署在有關信件表示按一貫安排處理西港島線和南港島線（東段）的重組計劃，但根據南區區議會屬下交通及運輸事務委員會（下稱「交運會」）所公佈的文件，署方僅在南港島線（東段）通車前一年遞交兩份文件到區議會討論，比西港島線的四份文件足足少了一半【1】。署方辯稱各區議會有不同要求及做法造成兩者差異，但交運會在9月19日於議程四的討論時，主席表示期待於該次會議收到運輸署的最新方案，並對署方「拖延計劃進展表示失望及不滿」，沒有「尊重委員會的共識及看待市民的聲音」【2】。明顯地，運輸署並沒有認真回應區議會的要求。對於運輸署向區議會卸責，聯盟表示極度遺憾。
署方信件所指的調查日期與會議紀錄不符
運輸署表示「（署方）於農曆新年假期前後進行調查一事，實屬憑空猜測」一事，與運輸署在五月時的口吻大相逕庭。根據交運會5月23日的會議紀錄，運輸署總運輸主任吳翰禮先生指出「署方將借鑑西港島線經驗，於南港島線（東段）通車的兩星期後，才開始搜集乘客數據」【3】。港鐵一直以南港島線（東段）於2016年底通車為目標。如南港島線（東段）於12月下旬通車，兩個星期後最遲為1月14日左右，當時仍為學校考試時期，市民乘車模式必不如常。加上2017的農曆新年在新曆一月，聯盟成員文章所指實為合理推斷，非憑空猜測。
縱使運輸署在信件中提到「會待各條受影響路線的乘搭模式穩定後才進行調查」，但西港島線一例已經足夠讓南區市民擔心。根據中西區區議會文件，運輸署清楚列明其調查於一月上旬進行【4】。調查日期明顯忽略中小學考試及香港大學長假（Semester break）等因素，以致大部分路線客量齊齊下跌，數據明顯低於平常。由於前車可鑑，聯盟實在擔心同樣事情會於南區再度出現，讓署方一意孤行以偏頗的數據削減居民需要的路面交通服務。
短期優惠問題旨在提出其對調查的壞影響
聯盟成員〈優惠的糖衣劇毒〉一文假設港鐵提供短期優惠旨在關注有關措施只會引起短期需求轉移，而非長期性的影響。西港島線通車時，市民使用特定巴士及小巴路線到堅尼地城專乘港鐵曾可享轉乘優惠，但該等轉乘優惠只維持短時間便已取消。不過署方就在優惠影響期間進行調查，從而規劃長期路面公共交通重組，當中實有不當之處。如果短期優惠完結以後，有乘客回流路面公共交通，署方調查數據便不能反映這些數字，因此文章僅以此點出短期優惠會為調查帶來壞影響，希望市民不會盲目要求通車初期的優惠而已。
南港島綫關注聯盟感謝運輸署對聯盟成員文章之關注，但希望署方在作出指控之先，詳細閱讀相關區議會文件及瞭解署方人員在區議會上的言辭，以免出現言論前後不一的問題。最後，聯盟對運輸署拖延至年內最後一次交運會才首次提交重組計劃部份修訂一事表示非常不滿及遺憾。
南港島綫關注聯盟
2016年11月23日
【1】 南港島線（東段）通車前一年的重組計劃文件：交通文件14/2016號及31/2016號；西港島線通車前一年的重組計劃文件：交通文件2/2014號、8/2014號、14/2014號及20/2014號。
【2】 2016-2019年度南區區議會屬下交通及運輸事務委員會第五次會議錄音（02:00-02:40）
【3】 2016-2019年度南區區議會屬下交通及運輸事務委員會第三次會議紀錄（參見第11段d）
【4】 2012-2015年度中西區區議會屬下交通及運輸委員會文件2/2015號（參見附件一）