（圖片取自蘋果日報)
蘋果日報在2013年05月07日表示獲得機密文件，高鐵工程出現嚴重延誤，承建商估計延誤最少一年；更要面臨數以十億元巨額計索償。報導指出其中一大問題是南昌站的樁柱移除工程。
運輸及房屋局局長張炳良隨即回應，一直有與港鐵聯繫，按目前資料所得，高鐵料可如期完成，開支成本亦在預算之內。
立法會的鐵路事宜小組在該天因人數不足而流會。建制派報紙群起護航，指反對派將工程泛政治化導致超支。
鐵路事宜小組委員會在2013年5月24日會議紀要表示：
「對於傳媒報道高鐵項目的進展時指項目可能會延誤及超支，政府當局回應委員的提問時解釋，未能預計的地質情況是已具有理據的申索所提出的主要理由，而地基及地盤平整工程的進度亦受到地質情況的影響。」
運輸及房屋局局長在2013年5月29日表示：「在一般大型基建項目的建造過程中，承建商遇上比投標時預計困難的情況是頗為普遍的。在大型工程合約中，因種種原因遇到承建商提出申索而雙方進行商討，也時有發生。提出申索的金額必須有所依據，而經雙方商討後的最後補償金額，通常與申索金額存在差距。西九龍總站是一個建在地面以下約26米的地下鐵路站，工程非常複雜，涉及的工程數目及種類繁多，需要各方面周密的協調。
承建商有責任按合約要求在指定時間內完成有關工程。當遇上在準備標書時未能預計的情況，承建商可根據合約的相關條款向港鐵公司提出申索。港鐵公司會謹慎處理每一宗申索，而承建商亦必須提供充足理據及資料，作為申索的合理依據。在項目的撥款中，我們已預留款項以應付建造過程中未能預見的情況。根據現時估算，項目的應急費用足以應付有關的申索開支，不會令高鐵項目出現超支的情況。 」
整個問題是在『在準備標書時未能預計的情況』是什麼？在討論這問題前，讓我們檢視承建商的申索情況。政府就高鐵事宜每半年向立法會的鐵路事宜小組委員會提交報告。
總站的申索數目遠超鐵路隧道
從報告反映的問題是，有關西九總站的申索遠超出有關鐵路隧道的申索。
政府在2013年6月給鐵路事宜小組委員會的文件表示：截至31/5/2013，已獲解決的申索金額為19.8億，尚未解決的金額為54.8億。其中因『未能預見地質情況』而被申索的已獲解決的申索金額為19.7億，尚未解決的金額為34.7億，總額為54.4億，佔總申索的72%。目前的總申索額為74.6億，已超出了2009年財委會通過的44億應急費用。而到31/6/2013為止，累計開支為285億，佔總批出合約的448億的六成。如果以此作估計，工程進度為六成，全部申索若以此作估計，可以高達124億。在考慮其相對申索額時，我們還要知道西九總站的總批出合約為144億，鐵路隧道的總批出合約為224億。兩者約為二比一。
『在進行工程時，常會遇上不能預見的情況，例如進行地基或挖掘工程時遇到較預期為多或複雜的障礙物，這會加深工程的難度，承建商可能需要用上較多或轉換較適合的機器，以及聘請更多人員，以處理這些情況。』
前期地盤勘測不週
出現上述情況的一個合理原因應該是政府之前的地盤勘測工作與實際不符。原則上，所有勘測工程都可能有誤差。但鐵路沿線有大量建築物，理應其因『未能預見地質情況』而被申索的機會遠高。若以該工程的累計開支作工程進度的粗糙估算，表一二三中的有關鐵路隧道的總申索／累計開支分別為16%、25%、26%。有關西九總站的總申索/累計開支分別為19%、29%、35%。地形較簡單的反而其申索多出35/16=2倍。
第二個值得討論的是申索的質素。『在收到承建商的申索後，港鐵公司會根據合約條款、承建商提交的申索理據及相關的文件記錄等檢視該申索的合理性，以評估有關額外開支的金額是否可以接受。』表一二三的有關鐵路隧道的（發放金額/申索金額）分別為62%、50%和50%；有關西九總站的（發放金額／申索金額）分別為76%、76%和76%。意即表示西九總站的申索高出76/50=1.5倍。
2008年7月8日，財務委員會批准有關撥款以進行高鐵香港段的設計及地盤勘測研究。52TR－ 廣深港高速鐵路香港段 － 設計及地盤勘測工作27億8,260萬元，用以進行廣深港高速鐵路香港段的設計及地盤勘測工作。當中的地盤勘測及土力工程研究為8600萬。
由此看來，當日《蘋果日報》確是捉錯用神，當中既非南昌站，也非工程進度，也不是單純的申索超出預算，而是西九總站的選址和其地盤勘測為何出現嚴重偏差，當中有否政治因素。鐵路事宜小組應跟進此事，索取所有的共318份申索書和要求張炳良解釋。