近年在香港討論學術自由的時候，部分人提出以下的觀點：
• 「學術自由可以用作任意罵人，任意用粗言穢語，甚至編做故事詆毀人家」。
• 「學術自由的目的不在於保護學者，不能用作為保護傘，以研究結果為名，宣揚種族仇恨或煽動暴亂，甚至一剎那毁滅地球」。
上述似是而非，甚至是無中生有的論點，源自於部分人根本不知道何謂「學術自由」，又或者某些人因為個人喜惡或政治需要，進而攻擊及排擠某些觀點或視角，然後提出「學術自由不是絕對」的論點，旨在於令某些觀點「合理地」消失。事實上，部分政治敏感的議題，包括「國家應否存在？」、「被壓迫的人民應否推翻政權？」、「被壓迫的民族應否脫離宗主國爭取獨立？」、「政府應否統治人民？」是政治哲學及歷史課裡經常討論的問題。
事實上，將做學術及發表意見等同於潑婦罵街，或無的放矢，是刻意無視做學問或學術的過程中，無論是站在哪一方立場面向，或哪一種研究方法，必須恪守道德操守的原則：包括根據搜集得來的資料推論；保護提供資料人士的身份；任何的論點必須有紥實及真實的證據支持，否則無法發表。所以宣稱用「學術自由」去傷害別人及威脅政權，此觀點根本站不住腳。
若說到宣揚種族仇恨或煽動暴亂，回顧歷史，在專制政權的暴政下，確有部分為權向上爬的學者勾結權貴，用自身超然的專業地位，不斷出賣及誤用知識，合理化種族仇恨及暴亂，旨在於迎合暴政的需要，剷除異己及鞏固政權：20世紀的納粹德國用種族優越論作為種族滅絕的理由；日本皇軍用生存及威脅論合法化侵略別國，過程中親政權的學者擔當重要的角色；甚至今日內地學者研究中日關係及中共歷史時，不斷重申「反日反美就是愛國及維護國家安全」、「中國共產黨是進步無私的執政黨」等觀點，引證了只有政權與學術勾結，才有充分的能力宣揚仇恨或煽動暴亂。當然，要研究如何一剎那毁滅地球，該學者必須解釋為何這項研究是可行及有何意義。事實上，學術自由就是要保護一些願意去發表不同於主流意見，甚至是持批判意見的學者及教師，免於被政府、大學領導層、學術同儕或親政府支持者，以訓話、投訴、抹黑、造假或解僱等方式威嚇及迫害。
回顧香港的狀況，雖然《基本法》第137條列明「各類院校均可保留其自主性並享有學術自由，可繼續從香港特別行政區以外招聘教職員和選用教材」，但有否及如何在大學的體制及權力層面落實，又是另一個問題。
首先，本地院校的體制，基本上權力是由上而下。所謂「院校自主」，實際上是大學領導及管理層擁有及操縱行政及決策權，加上缺乏制衡及監察的體制，民選校董只是決策層的少數民族。當特別是合約制的學者及教師在其學術自由受到侵害的時候，根本沒法在現行機制下得到公平及公開處理。
其次，本地院校並沒有任何機制及制度保障學術自由，包括制定有約束力及懲罰性的機制及政策，去處理學者及教師的學術（包括教學）的自由被侵犯。反之，現況是部分人可以利用投訴機制，然後校方可以在沒有調查下，又或者單方面接納投訴者的說辭定奪，跟著以「研究、教學不專業」、「教學效能不佳，沒有照顧學生學習需要」等理由懲處，甚至將沒有事實根據的指控紀錄在評核報告，然後在校方相關的行政委員會上，經眾人決議警告，甚至解僱學者及教師，最終迫使學者及教師滅聲。最重要是在整個過程中，當事人可以全不知情，甚至沒有機制要求當事人申辯釐清事件。院校自主只不過變成大學領導及管理層由上而下操縱的黑箱作業模式，更成為扼殺學術自由的其中一個兇手。
再者，評估學術表現的機制缺乏透明度、一致性及獨立性，繼而威脅學者及教師的就業權益，直接損害學術自由。在香港的情況，會否因為學者只用中文出版學術著作、只是在書籍章節出版、主觀但無知地認定某些研究課題沒有價值，又或者研究的課題欠國際化，結果被判定某人學術質素低，更標籤為學術表現差劣，最後成為被免職的理由？甚至有人會不斷強調「在學術期刊發表文章才是硬道理」，單純用「影響因子」決定論文的價值，並不斷強調這些「潛規則」及「遊戲規則」已是國際通行；但是，這些觀點完全忽視這些極具彈性的規則，在決策機制獨攬大權、不透明、欠問責及獨立性的大學管理及行政體制下，容易被誤用。
總而言之，討論香港學術自由的問題，必須先理解大學的管理體制及權力架構，評估當權者是否向持份者問責；學術自由有否制度化及恆常化，成為校園文化的核心價值；政府有否透過不同的形式干預學術自由，包括特首透過大學校監的象徵性身份，委任對其政治忠誠者進入大學決策機制，並透過這些忠誠者在幕後破壞大學內部的人事任命。