機管局網站表示機場僱員人數約73 000 人。2014/15年年報的行政總裁林天福在2015年5月26日則「感謝機管局員工及65 000名機場員工群策群力及竭誠服務。」未來機管局會為三跑項目增聘數千人。
對這龐然大物，外界很難了解其高層運作。香港審計署在二零一四年十月三十日即其「在提供民航處處長辦公室洗手間／淋浴設施及意外調查員休息室兩方面，偏離核准的情況」；「新空管系統在二零一四年十月仍未啟用，而根據最新的估算，新系統要在二零一五年才能運作(現在還未能運作)」，和「明知香港國際機場跑道不是支援獨立混合起降模式，仍然達耗資 1.014 億元添置精密跑道監察雷達。」人們才開始驚覺。
高鐵
錢果豐在離任時表示，對於高鐵項目出現超支及延誤不感到遺憾，因為九成問題均不能控制，問題出在通報機制。當中並非全錯。埃及人在數千年前已會興建金字塔，中國也會建萬里長城。其項目複雜程度不下三跑和高鐵。工程界都明白，真正問題不是工程本身，而是高層管理。
全世界大凡龐大項目都是由小數核心精英作決策。之上有一個委任董事局。但被委任者都是些社會賢達，身兼數十職的「公職王」，那有時間看文件。
核心精英乃飽學之士，登此高臺，社會應相信他們。但自港大校委會錄音事件後，我們這些庶民才有機會領教這些小圈子是如何討論問題的。機管局也如是。
機管局的主要危機是其管理層沒有處理這樣複雜和大型項目的經驗；其管理層各懷鬼胎；政府把它看成機管局自己的項目，介入的公務員太少 (高鐵項目中有強大的公務員團隊也爆禍)。
優秀表現酬金
優秀表現酬金是「根據個人表現和集團業績酌情發放。」機管局的管理層為行政總裁下設8名執行總監，分別負責物業發展、工程及科技、商務、人力資源及行政、企業發展、財務、機場運行、三跑道項目。
在11/12年報中，執行總監的優秀表現酬金(千元)為：
馮永業 –1,169
羅志聰 –1,169
吳自淇（於2012年3月獲委任） – 51
伍翹楚（於2012年3月辭任） –1,400
14/15年沒有向執行總監發放優秀表現酬金，而只有向行政總裁發放。上述資料的一個解釋是，財務執行總監羅志聰有點問題，也可解釋為機管局高層不和。
財務執行總監
機場管理局在2010年4月30日宣布，委任羅志聰為財務執行總監，由2010年7月起生效。羅志聰上任後，將成為機管局高級管理層的主要成員。
顧問問題
三跑道系統的諮詢費及其他有關費用在2014年為4.56億，在2013年為2.09億。
三跑道系統的諮詢費及其他有關費用包括政府原則上批准本局按照規劃用途採納三跑道方案作為香港國際機場的未來發展規劃方向後，就法定環境影響評估及有關設施編製相關設計細節所產生的款項。
議員從顧問報告中看到一些問題端倪，對其窮追不捨。機管局高層對此意見不一。有些重視顧問意見，有些則認為自已搞掂，用自已專家代替顧問，少隻香爐少隻鬼。這也是種下禍心之一。總之一句，其管治文化未能迎接三跑項目。